Droplet Biosciences, une société de diagnostic développant des tests de biopsie liquide à base de liquide lymphatique, a annoncé mardi une collaboration avec NVIDIA Corp (NASDAQ: NVDA) pour détecter le cancer résiduel dans les 24 heures suivant la chirurgie – plusieurs semaines plus tôt que la surveillance traditionnelle à base de sang.
En associant l’analyse du liquide lymphatique aux outils de génomique accélérés par GPU de Nvidia, la société a également considérablement réduit les temps de traitement informatique.
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Une nouvelle chronologie pour la détection du cancer résiduel
Contrairement aux tests conventionnels de maladie minimale résiduelle (MRD) qui reposent sur le plasma sanguin plusieurs semaines après la chirurgie, Droplet prélève du liquide lymphatique seulement 24 heures après l’ablation de la tumeur.
Selon Wendy Winckler, directrice scientifique de Droplet Biosciences, le liquide contient des concentrations nettement plus élevées d’ADN tumoral, car il est prélevé à proximité du site tumoral plutôt que dilué dans le sang circulant.
La société rapporte qu’après la chirurgie, le liquide lymphatique contient 130 fois plus de molécules d’ADN tumoral que le plasma sanguin, ce qui se traduit par une sensibilité doublée dans la détection des rares cellules cancéreuses résiduelles.
Une détection plus précoce peut permettre aux cliniciens d’ajuster les plans de traitement plus tôt, y compris une intensification de la thérapie pour les patients atteints d’une maladie persistante.
Le premier test de Droplet validé par la Clinical Laboratory Improvements Amendments cible le cancer de la tête et du cou négatif pour le VPH. Des programmes de preuve de concept en phase avancée sont également en cours dans les cancers du poumon et de la vessie, avec une applicabilité potentielle à l’ensemble des tumeurs solides.
Traitement des goulets d’étranglement de la production et du calcul
Bien que le séquençage de nouvelle génération nécessite environ cinq jours en laboratoire, Droplet a cherché à compresser les délais de bio-informatique. Ses précédents pipelines basés sur les CPU ont créé des goulets d’étranglement, notamment compte tenu de la profondeur de séquençage élevée – dépassant souvent 10 000 fois la couverture brute – nécessaire pour identifier les variantes rares.
Exploiter NVIDIA Parabricks pour la détection du cancer
Pour accélérer le traitement, Droplet a mis en œuvre Nvidia Parabricks, une suite d’analyse génomique accélérée par GPU.
Zhuosheng Gu, directeur principal de l’informatique, de la recherche et du développement, a déclaré que les temps d’alignement étaient passés de 36 heures par échantillon à moins de trois heures grâce au flux de travail FQ2BAM de Parabricks. L’appel de variantes est passé de plus de 10 heures à environ une heure.
La société travaille également à la mise en œuvre d’outils accélérés par GPU pour le traitement des identificateurs moléculaires uniques, visant une réduction de plus de 15 heures à moins de deux heures.
Dans l’ensemble, Droplet s’attend à réduire son délai d’analyse de 10 jours à moins de cinq, avec un objectif de moins de deux jours.
Malgré des coûts horaires plus élevés pour les GPU, les temps d’exécution plus courts ont permis de réduire les dépenses informatiques totales de 30 %, selon la société.
Lundi, dans le cadre de l’accord non exclusif, Nvidia a annoncé qu’il investirait 2 milliards de dollars dans Coherent Corp (NYSE: COHR) pour soutenir la recherche et le développement, l’expansion future des capacités et les opérations alors que la société renforce son empreinte manufacturière basée aux États-Unis.
Le mouvement des prix de NVDA : Les actions de Nvidia ont reculé de 1,55 % à 179,54 dollars au moment de la publication mardi, selon les données de Benzinga Pro.